La historia del šakotis en Lituania es conocida y fascinante. Según los historiadores, el šakotis comenzó a tomar forma como un pastel distintivo ya en los siglos XV y XVI, precisamente en una época en la que Lituania mantenía estrechos vínculos con Polonia y otros países de Europa Central y Oriental. Estos vínculos abrieron las puertas de la cocina a diversos intercambios culinarios, y el šakotis se convirtió en uno de los frutos de estos intercambios.